Где-то на юге Тихого океана, 1944 год. На отдаленном острове терпят крушение подбитые самолеты противников. Японский и американский летчики продолжают поединок уже на земле, но внезапно появляется гигантская горилла.
Спустя почти три десятилетия, 1973 год. Холодная война, освоение космоса, демонстрации протеста в США против войны во Вьетнаме, подписание договора об ее окончании. Член секретной организации «Монарх», ученый Уильям (Билл) Рэнда и его ассистент Гленн Миллс уговаривают сенатора конгресса США одобрить экспедицию на остров Черепа. Он находится в постоянном кольце штормового фронта. Это белое пятно на карте, где, по мнению исследователей, благодаря изолированности от внешнего мира может существовать уникальная экосистема. Туда необходимо добраться раньше русских, которые уже запустили спутник. Сенатор скептически относится к деятельности «Монарха» (поиски мифических монстров), проект собираются закрывать, однако он соглашается дать Рэнде последний шанс, и даже организовать экспедиции военное сопровождение.
Бойцы американской вертолетной эскадрильи собираются ехать из Вьетнама домой. Их командир, подполковник Престон Пакард, разочарован бесславным окончанием войны, он не видит себя в условиях мирной жизни. От командования поступает приказ о последнем перед отправкой в Америку задании: сопровождать научно-исследовательскую экспедицию на затерянный в океане остров. В Сайгоне Рэнда нанимает проводника, специалиста по выживанию в джунглях, бывшего капитана британской армии Джеймса Конрада. Наемнику обещано вознаграждение, в пять раз превышающее обычную за такую работу плату. Кроме того, к экспедиции присоединяется фотограф Мейсон Уивер. Ее снимки из горячих точек публиковались в ведущих американских изданиях, Уивер известна своими пацифистскими взглядами, она называет себя антивоенным фотографом. На судно, которое отправляется к острову, грузят огромное количество взрывчатки. Уивер это кажется подозрительным, хотя геологи утверждают, что это сейсмологическое оборудование.
Корабль подходит на расстояние 50 миль до острова. Через штормовую завесу удается прорваться на вертолетах. Сразу после посадки группа геологов и картографов начинает испытания, устраивает серию взрывов. По сейсмологическому отклику они делают вывод, что коренные породы на острове практически полые. Не всем вертолетам удается благополучно приземлиться. Непрошенных гостей острова атакует гигантская горилла. Чудовищных размеров примат раскидывает боевые машины в разные стороны, в ярости топчет привезенное учеными оборудование. Среди военных и гражданских есть погибшие. Отдельные группы уцелевших участников экспедиции разбросаны по острову в радиусе восьми километров. Пакард впадает в ступор, он смотрит в глаза уничтожившему его людей гиганту, с которым готовится вступить в схватку.
По рации подполковник связывается с Конрадом и майором Чэпменом. Конрад предлагает всем двигаться вдоль реки на север острова, где через три дня их будет ждать судно. Пакард отдает приказ Чэпмену оставаться на месте, в его вертолете находится значительное количество боеприпасов. Рэнда рассказывает о том, что много лет назад он был единственным, кто уцелел при гибели военного корабля. Это случилось неподалеку от острова Черепа. Все эти годы он был уверен, что судно подверглось нападению неведомого древнего существа, и посвятил всю жизнь поиску подобных монстров. Миллс поражен, что выдвинутая им теория полой земли подтвердилась. Раньше, он считал Рэнду сумасшедшим, а теперь готов поверить в существование чудовищ, которые живут под землей. Связь по рации прервана, сигнал отсутствует. Отдельные группы людей продолжают продвигаться к северной части острова.
Выйдя к реке, группа во главе с Конрадом встречает огромного буйвола. Опытный следопыт рекомендует не применять оружие, животное мирно уходит. На отряд Паккарда в джунглях нападают гигантские хищные пауки. Снова есть погибшие, от жутких тварей военные отбиваются, применяя все имеющееся при них оружие. Группу Конрада встречают молчаливые туземцы, вооруженные копьями. Потом появляется бородатый белый человек, который начинает говорить по-английски. Оказывается, это лейтенант Хэнк Марлоу, американский летчик, он прожил на острове 29 лет. Марлоу безумно рад, что его наконец нашли. Но предупреждает, что на острове очень опасно.
Тем временем Чэпмен смывает с лица кровь у реки. Туда же выходит Конг, он почти не пострадал в бою. Чэпмен наблюдает из укрытия, как гигант плещется в воде. На Конга нападает огромный осьминог, оплетает примата своими щупальцами. Горилла справляется со спрутом, после чего пожирает его.
Марлоу приводит группу Конрада в укрепленное поселение туземцев, пришельцам позволено провести здесь ночь. Он показывает священное место местных жителей: остов погибшего военного корабля. Марлоу рассказывает, что туземцы почитают царя этого острова Конга как божество. Он защищает их от огромных ящеров, черепозавров. Те живут под землей, но, потревоженные недавними взрывами, они полезли на поверхность. Самый большой черепозавр превышает размерами Конга, который является последним представителем своего вида на острове. Конрад предлагает Марлоу пойти с ними. После окончания экспедиции они доставят его домой. Марлоу говорит, что, передвигаясь пешком, они не поспеют к назначенному сроку. Марлоу со своим японским товарищем по несчастью (тот уже умер) строили из подручных средств лодку. Если довести ее до ума – по воде можно будет добраться к цели гораздо быстрее. Предложение принимается, лодка приводится в нужное состояние. Отряд Конрада прощается с туземцами и отплывает.
Заработала рация. Команда Конрада связывается с подполковником, его люди выпускают сигнальную ракету. На лодку пикирует летающий ящер и уносит одного из геологов. Отряд Конрада встречается с командой Пакарда. Подполковник говорит, что им нужно дойти до Чепмена. Марлоу предупреждает: им могут повстречаться ящеры, это практически самоубийство. Объединенный отряд отправляется в путь. Они проходят через долину, там лежат скелеты сородичей Конга, истребленных ящерами. От брошенного окурка происходит воспламенение метана. Появляется ящер, он пожирает Рэнду. Остальные пытаются от него спрятаться. Ящер срыгивает череп с медальоном, по которому Конрад опознает погибшего Чэпмена. Завязывается схватка, люди прогоняют черепозавра. Марлоу пытается убедить Пакарда, что Конга не стоит убивать, он единственная защита обитателей острова от ящеров. Тот не согласен: надо уничтожить всех опасных тварей. Часть гражданских Конрад отправляет к лодке, остальные следуют за подполковником, чтобы его остановить, нельзя допустить убийство Конга.
Пакард пытается спалить Конга при помощи напалма. Обожженный примат падает. Пакард заминировал участок неподалеку от места падения вертолета Чепмена, он готов взорвать Конга. К месту событий подходит Конрад со своими людьми. Они под угрозой применения оружия требуют от подполковника прекратить попытки убийства гигантской гориллы. Появляется гигантский ящер. Подполковник не успевает взорвать мины, ящер наступает на него. Конг вступает в битву с гигантским черепозавром. Примат успевает спасти Вивер, которая при этом была задета. Он аккуратно доставляет ее на берег реки. Победивший в смертельной схватке Конг уходит. Группа покидает остров. Они договариваются о том, что будут хранить в тайне все, что произошло на острове.
