Действие происходит в мире, где в результате войны людей и машин человечество исчезло, а мир оказался под угрозой вымирания. Чтобы спасти мир, некий ученый создал несколько кукол с живой душой внутри.
Главный герой, девятая кукла, просыпается в лаборатории, забирает какой-то артефакт и выбирается на улицу. Он тут же встречает Второго, который приветствует его как спасителя. Но Второго вместе с артефактом тут же похищает робот Зверь. Девятый пытается спасти его, но Зверь его ранит, и Девятый теряет сознание.
Вскоре его находит Пятый, кукла-врачеватель, и приносит в собор, где собрались выжившие куклы: Первый, самопровозглашенный лидер, его телохранитель Восьмой и полубезумный Шестой, требующий, чтобы Девятый что-то вспомнил.
Первый не хочет ничего делать и ждет, когда оставшиеся машины сами отключатся. Девятый собирается идти на поиск Второго, и Пятый идет вместе с ним. После долгой дороги они находят фабрику, где прячется Зверь, и запертого Второго. В попытке освободить его они привлекают внимание Зверя, и только появление Седьмой спасает их. Заметив в обломках паз, по форме похожий на артефакт, Девятый вставляет туда его. Второй пытается его остановить, но его душа вытягивается. Просыпается огромная Машина с искусственным интеллектом.
Куклы ищут ответы. В библиотеке, куда их приводит Седьмая, они находят материалы по истории конфликта машин и людей, но полной картины все еще нет. Девятый и Пятый возвращаются в собор, где Первый устраивает им разнос. Врывается робот-птица, из-за которой начинается пожар. Общими усилиями удается победить робота.
Куклы перебираются в библиотеку, куда приходит новое изобретение Машины - робот-ткач с телом Второго, прибитого к корпусу. Он захватывает Восьмого и почти захватывает Первого, но к нему на помощь приходят остальные. Первого вызволяют, но Седьмая попадает в плен. Куклы отправляются на помощь.
Девятый вызволяет Седьмую, а остальные взрывают здание. Но Машина выживает и пытается уничтожить кукол. Они сбегают.
Девятый отправляется в лабораторию и понимает, что в его теле сидит душа ученого, ответственного за создание машин. Объяснив остальным, что к чему, он устраивает засаду на Машину. Пожертвовавший собой Первый позволяет Девятому отключить Машину и освободить души кукол.
Выжившие Девятый, Седьмая и близнецы Третий и Четвертый хоронят погибших товарищей.
